Telegram-сессия - это конкретная авторизация аккаунта на определённом клиенте. У одного аккаунта может быть несколько одновременных авторизаций.
Файл .session в Sprut представляет одну такую авторизацию. Он не равен самому Telegram-аккаунту: потеря одной session не обязательно означает блокировку аккаунта.
JSON
JSON рядом с session нужен Sprut для воспроизведения параметров клиента и fingerprint. Поэтому рабочая пара должна храниться вместе.
Переавторизация
Переавторизатор создаёт новую отдельную авторизацию. После этого старые авторизации можно закрыть только с учётом ограничений Telegram и с обязательной защитой текущей новой session.